San Juan ofrece un imponderable testimonio de siglos de antigüedad que se conoce como: El Valle de Ischigualasto. Conocido también como Valle de la Luna. Hace unos 200 millones de años era un vergel de helechos gigantescos y rincosaurios, dicinodontes y otros vertebrados. Hoy es uno de los yacimientos paleontológicos más importantes del planeta y una de las “obras” mayores de la naturaleza. Varias dinastías del antiguo imperio incaico entre ellas las del Inca Yupanqui y posteriormente el Inca Viracocha III, trataron de extender sus dominios conquistando Chile y como resultado de estos movimientos los moluchos, que habitaban el sur del Perú , se corrieron a Chile y después a San Juan donde se los conocía con el nombre de Toluches. Más tarde y a consecuencia de la mezcla de estos aborígenes con los que ya moraban en la zona dieron nacimiento al indio Huarpe ó warpe, de alta estatura, pacíficos y dedicados a la ganadería, industrias caseras y al trabajo minero. Antes de la llegada de los españoles, la zona estaba poblada por los warpes. Usaban el cabello largo adornado con plumas. Se pintaban el rostro en ocasiones de ceremonias con líquidos vegetales. Eran politeístas. El dios más venerado y respetado era Hunuc Huar. Para ellos este dios habitaba en las montañas. También adoraban al sol, las estrellas, la luna y los ríos. En las aldeas existía la presencia de un hechicero llamado "machi", quien era encargado de curar a los enfermos y pedir protección a los muertos para realizar su viaje a la montaña de Hunuc Huar. Tenían dos instituciones sociales muy particulares que era: el levirato que consistía en que al morirse el marido, la viuda y los hijos pasaban a depender del hermano menor del fallecido; y el Sororato: que significaba que al casarse el varón adquiría el derecho de casarse con las demás hermanas menores de la novia. En los primeros tiempos la convivencia entre españoles y aborígenes fue buena, pero finalmente los indios fueron sometidos. El 13 de junio de 1562 Juan Jufré de Louyza y Montese, adelantado de la tercera corriente colonizadora que penetró en el territorio por el norte, fundó
San Juan de la Frontera, su actual capital en el valle de Tucuna, en nombre de Francisco de Villagra, Capitán General de los Reinos de Chile y de su Majestad el Rey de Castilla Felipe II. "San Juan" fue puesto en honor al santo patrono de Jufré, San Juan Bautista. A fines de 1593, el río San Juan arrasó con la ciudad, así es que Luis Jufré la translada 25 cuadras al sur de su primera ubicación. En 1776 la Intendencia de Cuyo fue separada de la gobernación de Chile e incorporada al Virreinato del Río de la Plata, como parte de la provincia de Tucumán. Dos años después pasó a integrar la intendencia de Salta. Por último en 1872, por razones de mejor administración, Cuyo quedó subordinada a la intendencia de Córdoba. El 1° de marzo de 1820, es el día en que se firmó el acta por la que rompían los vínculos que los unían a la intendencia de Cuyo y se reunían San Juan, San Luis y Mendoza, las que adquirían soberanía como estado independiente. El 22 de diciembre de 1828 el Papa León XII ordenó la erección del Vicariato Apostólico de San Juan, independiente del Obispado de Córdoba, siendo Fray Justo Santa María de Oro el primer vicario de la provincia, el cual desempeñaría un papel importante en la gesta emancipadora ya que conjuntamente con Narciso Laprida participaron activamente en el Congreso de Tucumán, que declarara la Independencia Nacional. Sus pobladores fueron protagonistas también en la gesta sanmartiniana. En la etapa de constitución nacional, luego de la batalla de Pavón, se destacó la figura del sanjuanino Domingo Faustino Sarmiento, quien llegaría a la presidencia de la República. En 1885 el comercio adquiere un desarrollo inusitado con la llegada del ferrocarril. A comienzos del siglo XX San Juan estaba edificada casi en su totalidad. En 1944, un terrible terremoto destruyó la ciudad y fue reconstruida, reemplazando la antigua construcción de adobe por la antisísmica.