En la actualidad,
Villa Unión es la cabecera del departamento Coronel Felipe Varela. Tanto el pueblo como el territorio cambiaron varias veces de nombre desde su creación en septiembre de 1881. El original fue Hornillos. Muy atrás en el tiempo, existía un asentamiento indigenista pazioca o cacano, pueblos independientes que se organizaron en la zona alrededor del año 850. De esas épocas son los petroglifos y pictografías que se hallaron en aleros y piedras de los distintos cañones de Banda Florida y Anchumbil. Se destacaron por su espíritu religioso, su facilidad para la alfarería, practicaban ganadería trashumante y obtenían riego para su agricultura familiar de los ríos Vinchina y Bermejo. En la iglesia de San Nicolás de Guandacol se guardan restos en cántaros y vasijas aborígenes de acuerdo al uso tradicional de esas tribus. Después de las Guerras Calchaquíes en 1680, llegaron los españoles y se afincaron en la región. El paso de Pircas Negras fue desfiladero obligado del actual territorio de Cuyo hacia Salta y hacia Chile. La vida de Villa Unión está unida a varios parajes vecinos como Guandacol, Pagancillo y Aicuña, que fueron escenario de encuentros y desencuentros de las luchas montoneras de 1860. Su principal actor fue el coronel Felipe Varela, militar y caudillo que comandaba en este territorio las fuerzas federales que se enfrentaban al gobierno central de
Buenos Aires. Se lo conoció como el Quijote de los Andes y su figura fue fuertemente controvertida. Una de sus hazañas más renombradas fue su triunfo en Cuesta de Miranda, donde redujo a las tropas del coronel Linares. En cambio, tuvo una derrota en la batalla Pozo de Vargas ante el general Antonino Taboada, que le valió el descrédito que lo llevara al exilio en Chile, donde murió años después. El nombre de Villa Unión refiere a la admisión que en épocas del mayorazgo de Brizuela y Doria les dieran a los exiliados del poblado de Guandacol.