Sobre el istmo Carlos Ameghino, a través del cual se llega a península Valdés, se encuentra la reserva provincial Isla de los Pájaros. Situada a 800 metros de la costa del golfo San José, esta área protegida fue creada con el objetivo de salvaguardar a las colonias de aves marinas y costeras que viven en la isla.
En esta área estaba emplazado el fuerte San José, fundado en 1779 por Juan de la Piedra y destruido por los indígenas en 1810.
Las aguas tranquilas y las mareas amplias, las cuales dejan una diferencia entre pleamar y bajamar de 12 metros de altura, permiten la comunicación de la isla con tierra firme. Al retirarse el mar, queda expuesto un estrecho pasaje de lecho marino. Hasta hace poco tiempo se permitía el acceso de los visitantes a la isla por este lugar, pero actualmente no puede utilizarse debido al deterioro del hábitat.
El centro de interpretación tiene una cúpula de vidrio con un telescopio de gran potencia que permite admirar la vista de los dos golfos, Nuevo y San José, y además brinda una amplia información sobre la diversidad de la vida salvaje de la península.